おじさんです。
2016/10/18現在、FastPokeMapやP-GO SEARCHなど、人気のポケモン地図サービスが使えなくなっています。
これは明らかに運営からの妨害（正当な）があると思われます。ポケモンの位置情報をユーザーにハッキリと知られてしまうサービスは、恐らく運営からすれば好ましいものではないのでしょう。
ふと思ったのですが、ポケモンの位置情報サービスはチート、不正行為になるのでしょうか？それならサービスがどんどん終了してしまうのは当然な気もするのですが・・・。
ポケモンGOのサーチアプリが全滅？
2016/10/18現在、ポケモンGOのサーチアプリは全滅しています。
P-GO SEARCH、FastPokeMapなど、人気となっていくつかのサーチアプリが現在全て停止しており、恐らくその他のサーチアプリも同じ様な状態かと思います。
一部情報では、最近のアップデートはあるサーチアプリを狙い撃ちにした、サーチアプリ対策（使えなくする）為のアップデートだとも言われており、ポケモンGO運営が本気でサーチアプリを潰しに来ている事が分かります。
これに対しいくつかのサーチアプリは「何とか解析出来る様に努力する」などのコメントを出している様ですが、今のところサービスを再開出来たサーチアプリはありません（FastPokeMapはサービスの再開を宣言しましたが、結局復活出来ませんでした）。
ポケモン地図サービスはチート、不正行為なの？
ポケモンGO運営が嫌っているポケモンサーチアプリですが、これってそもそもチートや不正行為に当たるのでしょうか？
ポケモンGOの規約には、チートや不正行為に関して以下の様な記述があります。
不正行為（チート）:
不正行為はやめましょう。フェアなプレイをお願いします。
（中略）
残念ながらチートの手段は次々に生み出されますが、少なくとも以下のものを含みます。
・変更を加えた、また非公式のソフトウェアを使用すること。
・複数アカウントでプレイすること。（1プレイヤー 1アカウントでお願いします。）
・アカウントの複数人での共有。
・位置情報を変更したり操作したりするツールや技術の使用。
・アカウントの販売や交換。
一部を抜粋していますが、重要そうなところで言うと、上の様な感じになります。ポケモンサーチアプリに関して関係がありそうなところは赤字の部分でしょうか。
しかし、恐らくですが「ポケモンサーチアプリを使ったユーザー」に関しては不正の対象外となる気がします。不正の対象とすれば恐らくサーチアプリの開発者です。
ツールなどを使った不正行為は「ポケモンGOのサーバーにポケモンGOアプリ以外でアクセスすること」だったはずなので、ブラウザなどを使ってポケモンの位置情報を使ったユーザーのことはそもそもポケモンGO運営は分かりません（もしもポケモンGOのログイン情報を求めるサーチアプリがあったら使用をしない方がいいと思います）。
ポケモンサーチアプリを使うとアカウントBANされるのか？
上で書いた通り、ポケモンサーチアプリを使うこと自体ではアカウントBANされることはないでしょう。サーチアプリを使うことは「攻略本を使うこと」に近い行為で、ポケモンGO攻略の為の情報を得ているに過ぎないからです（ポケモンGOの配信するデータをリアルタイムで参照している、という問題はあります）。
そもそもサーチアプリを使っている人と、その人のポケモンGOアカウントを結びつける事自体が出来ません（ポケモンGOのログイン情報を求めるサーチアプリがあったらこの限りではありません）。
しかしポケモンGO運営がサーチアプリとの対決姿勢をハッキリさせてくると「倫理的な問題」が出てくる可能性があります。場合によっては、これまでの様におおっぴらにポケモンサーチアプリを使う事が出来なくなるかも知れません。
「ポケモンサーチアプリを使うなんて、ズル。不正行為」
という評価が今後される可能性はかなりあると思います。「ポケモンGOのデータに不正にアクセスしたサーチアプリを使っている不正なズルいユーザー」みたいな感じでしょうか。
あくまで可能性の1つですが、今後この様になることも有り得る、という事です。ならないかも知れません。
しかしそもそも現在はポケモンサーチアプリが使えない状態であり、このままポケモンサーチアプリ全てが白旗を挙げる可能性も高いと思います。
ポケモンGOのポケモン出現データはあくまでポケモンGO運営が握っているのですから、今後それを完全に解析出来なくする事もあるのではないでしょうか。少なくともポケモンGO運営はその為に動いていると思います。
※以上、個人的な見解に過ぎません。ご了承ください。